Scavata nell'arenaria argillosa a 100 metri sopra il livello del fiume, è costituita da un labirinto di abitazioni rupestri su due livelli, collegate da una lunga galleria-corridoio con volta semicilindrica. Le grotte si estendono per 37 metri di profondità.
C'è un solo ingresso alla città sotterranea. Da qui il nome del monumento: Yekedeshik (che in turkmeno significa "un'unica apertura"). Avere un solo ingresso probabilmente rendeva le grotte invisibili e praticamente impenetrabili.
Queste grotte sono poco studiate e le loro origini sono sconosciute, ma gli scienziati ipotizzano che Ekedeshik sia apparsa intorno al I secolo a.C. Questa grotta è menzionata in molti racconti e leggende turkmene. Alcuni sostengono che le carovane di cammelli potessero entrare e uscire dalla grotta in due file. Secondo una leggenda, la grotta fu scavata dai guerrieri di Alessandro Magno, che giunsero nel territorio dell'odierno Turkmenistan nel 334 a.C.; un'altra sostiene che sia la creazione naturale di potenti geni. La maggior parte degli archeologi presume che Ekedeshik fosse un monastero sotterraneo per monaci cristiani o buddisti che vivevano nell'Asia centrale in tempi antichi.
In totale, la città rupestre contiene 44 stanze separate. Trentacinque di queste sono accessibili, ma molte sono completamente crollate. In alcuni punti si trovano piccole camere con fosse circolari, pozzi riempiti o magazzini. Alcune stanze hanno scale a chiocciola che conducono al secondo piano. Le grotte sono completamente scavate; non sono stati utilizzati materiali da costruzione. Nelle pareti di alcune "case" sono stati inseriti ripiani.
Tra l'altro, secondo gli scienziati, alcune grotte furono create molto più tardi, nel XIV e nel XV secolo. Sono piuttosto spaziose e potevano ospitare diverse persone, intere famiglie. Una delle camere della grotta aveva chiaramente uno scopo speciale: il suo ingresso è caratterizzato da una struttura a portale e la decorazione interna è particolarmente curata.
Il complesso sotterraneo è costituito da due piani. Il piano superiore, a giudicare dai reperti rinvenuti durante gli scavi, ospitava spazi abitativi e di preghiera, sale comuni e una cucina. Il piano inferiore ospitava magazzini, pozzi e un sistema di drenaggio naturale che raccoglieva l'acqua sotterranea che si accumulava nelle grotte.
Grazie alle pareti ondulate, il suono a Yekedishek è completamente assorbito. Nelle pareti sono ricavate delle cavità per le lampade. Non è ancora chiaro come sia stato risolto il problema della ventilazione in queste celle. Quel che è certo è che le grotte mantenevano una certa frescura nella calura estiva e il calore dei camini veniva mantenuto anche nel freddo invernale. Dalla stretta piattaforma prima dell'ingresso delle catacombe, si apre un ampio panorama dell'area circostante: da quest'altezza, con il bel tempo, si può osservare l'intera area per decine di chilometri. Oggi, Yekedishek è una Riserva Storica e Culturale Statale del Turkmenistan e una delle attrazioni turistiche più popolari del paese. Gli scavi archeologici sono ancora in corso, ma il sito è comunque aperto ai turisti: è stata costruita una strada fino al punto di salita, il complesso è illuminato elettricamente e il pavimento è ricoperto di canne per evitare che i passi sollevino polvere. Nel complesso delle grotte lavorano anche guide turistiche esperte.
